Река Ниагара вытекает из озера Эри между Буффало и Форт-Эри, течёт преимущественно на север.
В верхнем течении делится на два рукава, образуя острова Гранд-Айленд (на территории США) и Нэви-Айленд (на территории Канады).
В среднем течении реки находятся Ниагарский водопад и пороги, в обход которых сооружён канал Уэлленд.
По имеющимся данным, за последние 12 тыс. лет зона водопада и порогов переместилась вверх по течению Ниагары на 11 км, однако в последнее время этот процесс замедлился: отвод воды для нужд электростанций уменьшил разрушительный эффект.
Река впадает в озеро Онтарио в районе канадского города Ниагара-он-де-Лейк.